網站的目錄是指樹立網站時創立的目錄。目錄的結構是一個簡單忽略的問題，大多數站長都是未經規劃，隨意創立子目錄。目錄結構的好壞，對瀏覽者來說并沒有什么太大的感覺，但是關于站點自身的保護，今后內容的擴大和移植有著重要的影響。所以樹立目錄結構時也要仔細安排，比如：
不要將一切文件都存放在根目錄下。有網站制作者為了便利，將一切文件都放在根目錄下。這樣就很簡單形成：文件辦理混亂，搞不清哪些文件需求編輯和更新，哪些無用的文件能夠刪去，哪些是相關聯的文件，影響工作效率；上傳速度變慢，服務器一般都會為根目錄樹立一個文件索引，假如將一切文件都放在根目錄下，那么即使只上傳更新一個文件，服務器也需求將一切文件再檢索一遍，樹立新的索引文件，很明顯，文件量越大，等待的時間也將越長。
按欄目內容樹立子目錄。子目錄的樹立，首先按主欄目樹立。友誼連接內容較多，需求常常更新的能夠樹立獨立的子目錄。而一些相關性強，不需求常常更新的欄目，例如：網站簡介、站長狀況等能夠合并放在一個統一目錄下。一切程序一般都存放在特定目錄，
在每個主目錄下都樹立獨立的Images目錄。一般來說，一個站點根目錄下都有一個默認地Images目錄。將一切圖片都存放在這個目錄里很是不便利，比如在欄目刪去時，圖片的辦理相當麻煩。所以為每個主欄目樹立一個獨立的Images目錄是便利辦理的。原因很簡單，就是便利保護與辦理。
其它需求注意的還有：目錄的層次不要太深，不要超過3層；不要運用中文目錄，運用中文目錄可能對網址的正確顯現形成困難；不要運用過長的目錄，太長的目錄名不便于回憶；盡量運用意義明確的目錄，以便于回憶和辦理。
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